Sólo quiero ampliar la respuesta de Toshinou Kyouko (ya que se me adelantó la respuesta, gracias estúpidas zonas horarias).
Aunque la pregunta se refería al anime, hay que tener en cuenta algunas cosas, ya que el autor de la pregunta también pregunta por la “historia principal” y en la respuesta de Toshinou comenta que no quiere “saltarse nada de la historia”
. hack//Legend of the Twilight no es canon, el Manga del mismo nombre lo es principalmente por cómo es la primera aparición de Zefie en él (no aparece en el anime, en su lugar tenemos un fragmento de Morganna Mode Gone)
. hack//G.U Trilogy no es canon mientras que el juego en el que se basa sí lo es. .hack//G.U Returner y .hack//Quantum siguen el juego y hay un punto importante que es diferente entre el juego y la película
Ovan es traído de vuelta por Haseo en . hack//G.U Trilogy. En los juegos sigue siendo un Perdido después de haber usado El Renacimiento y Reiko Saeki AKA Shamrock lo está buscando en .hack//Quantum (menciona que está buscando a alguien).
También una gran parte de la trama principal de la serie se cuenta en los juegos (.hack Part 1 - 4, .hack//G.U Vol. 1 - 3, .hack//G.U Last Recode), .hack se sitúa entre el penúltimo y el último episodio de .hack//SIGN con . hack//Liminality ocurre al mismo tiempo
cuando Helba cierra a la fuerza The World’s serves justo cuando Tsukasa y el grupo están a punto de enfrentarse a Skieth es poco antes cuando los juegos comienzan. el último episodio con todos teniendo una fiesta en Net Slum vemos a Kite y BlackRose junto con cómo Tsukasa confunde a Mia como Macha porque Mia es Macha en un nuevo PC (con pocos o ningún recuerdo).
en el último episodio de .hack//Liminality oímos menciones de la batalla final de los .hackers con Morganna Mode Gone y Corbenik, de hecho, el servidor que montaron es el mismo que Helba menciona que se cayó durante la lucha
mientras que . hack//G.U se sitúa entre .hack//ROOTS y .hack//G.U Returner
la escena de introducción de .hack//G.U Vol. 1 Rebirth muestra la pelea de Haseo con los PKers y su pelea con Azure Flame Kite que lo inicializa de nuevo al nivel 1. .hack//G.U Returner muestra la Forma X de Haseo y a los AIDA infectados Chim Chim explica como los AIDA no son por naturaleza violentos y fueron influenciados por Tri-Edge
También está . hack//Terminal Disk, aunque no es una serie de anime, es una colección de vídeos que venía en un DVD con la pre-orden de .hack//G.U Vol. 1 Rebirth y también se incluye con .hack//G.U Last Recoded, la reedición de .hack//G.U con un nuevo 4º capítulo establecido después del 3º volumen.
sigue al hermano de Reiko Saeki, Jun Bansyoya, mientras explica los sucesos de los juegos anteriores (incluyendo cómo Sora/Haseo/Ryou Misaki fue liberado de Skeith), del Proyecto G.U (del que fue miembro), del Programa R.A y de la Naturaleza de Cubia que le llevaron a separar a Tavos del Proyecto G.U Originalmente, revelando particularmente la visión de Jyotaro Amagi a quien vemos en . hack//Quantum
y cómo fue el responsable con el CC Corp Fire y destruyó a Mai de los juegos originales/último episodio de .hack//SIGN, lo que llevó a Elk/Endrance/Kaoru Ichinose a ver un AIDA como Mia y a convertirse en infectado
también Jun menciona que conoció a Zefie durante las últimas horas que los jugadores pasaron en The World antes de que The World:R
lo reemplazara (borrando todos los datos del PC). Zefie insinúa por qué Aura desapareció repentinamente antes de los eventos de .Hack//ROOTS antes de volver a ella