¿Por qué Naruto puede seguir usando el Rasenshuriken?

Naruto sólo usó este jutsu una vez en forma normal (contra Kakuzu, y tuvo muchos efectos secundarios, como dijiste), las otras veces estuvo en Modo Sabio , en este estado no se dañó.

Según Naruto Wiki :

Naruto mejoró posteriormente el Rasenshuriken con el Modo Sabio. Esto le permite lanzarlo a sus oponentes, y elimina la amenaza de dañarse a sí mismo con la técnica.

Para ampliar la respuesta de Rikkin, el daño sólo se produce al impactar.

Cuando Naruto intentó usarlo por primera vez contra Kakuzu, su brazo estaba en el centro del radio de daño cuando impactó, lo que causó el daño.

Mientras se entrenaba para el Modo Sabio, Naruto aprendió a lanzar el Rasenshuriken, lo que le permitía dañar sólo a su oponente y no a sí mismo al permanecer fuera del radio de daño.

Cuando Naruto creó por primera vez el Rasen-Shuriken, la técnica sólo estaba a medio completar. No era lo suficientemente estable como para ser lanzada, así que Naruto tiene que usarla como un ataque cuerpo a cuerpo como el Rasengan estándar. Sin embargo, el retroceso del jutsu es extremadamente peligroso.

Cuando el Rasen-Shuriken golpea, se disuelve en una verdadera armada de cuchillas de viento microscópicas que atacan cada célula del cuerpo del oponente, cortando la red de Chakra de la víctima. Sin embargo, debido a su proximidad con el punto de impacto, Naruto experimenta efectos secundarios similares en el brazo con el que ha utilizado la técnica. Aunque el daño a su red de Chakra no era tan grave, si se utilizaba en exceso, dejaría a Naruto permanentemente incapacitado para moldear Chakra.

Sin embargo, después de que Naruto aprende a entrar en el Modo Sabio, puede utilizar el Chakra del Sabio para estabilizar la forma del Jutsu, permitiéndole ser lanzado como un verdadero shuriken. Esto también es válido para cuando Naruto gana el control del Chakra de las Nueve Colas.

Como técnica de largo alcance, el Rasen-Shuriken ya no supone ningún peligro para Naruto.

Naruto es capaz de usar el Rasenshuriken libremente básicamente porque entra en el modo sabio que le permite lanzar el Rasenshuriken debido a la energía de la naturaleza y su propio Charkra combinados otorgándole la capacidad de lanzarlo, en su forma base no podía tenía que atacar a Kakuzu de cerca como un rasengan normal, lo que daña tanto al usuario por tener que acercarse, como a la víctima.