Veo el cambio de color de su pelo como un efecto secundario físico de que ha abandonado la naturaleza de su madre (su naturaleza), y si me permites especular, el pelo blanco es un símbolo de que ha abrazado la naturaleza de su padre, aunque no creo que lo sepa.
Sólo estoy adivinando, pero creo que Arima (el tipo de pelo blanco que lucha contra el gran Búho, el hombre con el que Kaneki se topa al final) es realmente su padre.
En el episodio 9 de la segunda temporada muestran a Arima pensando mucho en qué escribir en su testamento, pero al final lo deja en blanco. Creo que sería un desastre escribir a tu hijo en un testamento cuando ese hijo cree que estás muerto como: “Querido Kaneki, así que no estoy muerto, pero si estás leyendo esto, entonces estoy muerto, así que ya, lo siento. P.D. Te quiero”. Pero el deseo de alcanzarlo sería en ese momento fuerte. Al dejarlo en blanco, Arima está mostrando qué clase de hombre es. Un hombre dispuesto a tomar las decisiones difíciles. Las mismas decisiones (más o menos) que está tomando Kaneki.
Al final, no es capaz de alejarse de la petición de su amigo y ponerse voluntariamente en peligro cuando en ese momento nadie necesitaba su protección.
Por eso creo que vemos su cambio de pelo una y otra vez al final… una batalla entre sus dos naturalezas.