En primer lugar, hay que mencionar que Archer es un Contraguardia y no un Espíritu Heroico. Es un agente de Gaia (la voluntad de la Tierra) y no está almacenado en el Trono de los Héroes como los otros participantes de la Guerra del Santo Grial.
La verdadera identidad de Archer es la de:
Emiya Shirou de una línea de tiempo alternativa de la ruta del Destino (ruta del Sable), donde se desesperó después de que Illyasviel falleciera 1 año después de la guerra. Intentó convertirse en un héroe salvando a la mayoría matando a la minoría (como su padre, Emiya Kiritsugu). Finalmente, las personas que salvó se volvieron contra él y lo rechazaron, sumiéndolo aún más en la desesperación, lo que culminó en el sacrificio de su vida al hacer un pacto con Gaia para convertirse en un contraguardia a cambio de la vida de unos pocos cientos de personas. Es convocado a la guerra con el colgante que siempre llevaba encima y que Rin usó para salvarlo como catalizador, ya que Rin no tenía ningún catalizador.
Si quieres una respuesta más profunda, juega a la novela visual, ya que la segunda ruta, Unlimited Blade Works, gira principalmente en torno a él y a Shirou.