¿Quién era Archer?

A diferencia de los otros espíritus heróicos (Aurthur, Alejandro Magno, etc), Archer es:

Shirou Emiya de una línea de tiempo futura alternativa que hizo un contrato con Gaia y se convirtió en el Espíritu Heroico Emiya, actuando como el Contraguardia del mundo para cumplir su contrato.

Hubo indicios de esto cuando Archer ve a Shirou por primera vez porque:

El quería a propósito ser convocado a una era en la que el joven Shirou Emiya estaría en la guerra del Grial para que matar a la versión más joven de sí mismo pueda causar una paradoja que rompería su contrato.

Así que la respuesta simple a su pregunta es que:

Archer es la versión futura de Shirou Emiya.

En primer lugar, hay que mencionar que Archer es un Contraguardia y no un Espíritu Heroico. Es un agente de Gaia (la voluntad de la Tierra) y no está almacenado en el Trono de los Héroes como los otros participantes de la Guerra del Santo Grial.

La verdadera identidad de Archer es la de:

Emiya Shirou de una línea de tiempo alternativa de la ruta del Destino (ruta del Sable), donde se desesperó después de que Illyasviel falleciera 1 año después de la guerra. Intentó convertirse en un héroe salvando a la mayoría matando a la minoría (como su padre, Emiya Kiritsugu). Finalmente, las personas que salvó se volvieron contra él y lo rechazaron, sumiéndolo aún más en la desesperación, lo que culminó en el sacrificio de su vida al hacer un pacto con Gaia para convertirse en un contraguardia a cambio de la vida de unos pocos cientos de personas. Es convocado a la guerra con el colgante que siempre llevaba encima y que Rin usó para salvarlo como catalizador, ya que Rin no tenía ningún catalizador.

Si quieres una respuesta más profunda, juega a la novela visual, ya que la segunda ruta, Unlimited Blade Works, gira principalmente en torno a él y a Shirou.