El primer uso conocido de Kakashi del Mangekyo Sharigan fue contra Deidara. Sin embargo, creo que su pregunta es realmente por qué no lo usó antes. Podría haber varias razones por las que no lo usó o no se mostró usándolo antes.
Kakashi despertó el Mangekyo Sharingan cuando Rin fue asesinado. Por lo tanto, no cumplió su promesa a Obito. Por lo tanto, este fue un momento emocionalmente doloroso para él, atado tanto a Rin como a Obito. Tal vez no quiso usarlo desde entonces para evitar volver a visitar esas emociones.
Como se mencionó en la respuesta de lexter, otra razón es que siendo un no-Uchiha, simplemente no tenía suficiente resistencia para usarlo efectivamente en la batalla. Incluso después de la salchicha, sólo podía usarla dos veces en un día, y tenía que descansar durante una semana más o menos después de usarla. Antes del timeskip, estaba a cargo de los estudiantes de nivel de genina, y no podía arriesgarse a ser noqueado y poner a sus estudiantes en peligro.
También, antes del timeskip, simplemente no pudo luchar contra los villanos contra los que se vio obligado a usarlo. Sólo luchó contra Zabuza y Haku durante el arco de la Tierra de las Olas, y contra Shinobi sin nombre de la Aldea de la Arena y la Aldea del Sonido durante la invasión del arco de Konoha. Si Orochimaru luchara contra él, Kakashi probablemente se vería obligado a usarlo, pero Orochimaru luchó con el Tercer Hokage en su lugar.
Perder contra Uchiha Itachi fácilmente puede haber obligado a Kakashi a considerar su uso, debido a la lógica usual shounen/Naruto de “Si quiero proteger mi nakama, tengo que hacerme más fuerte”
También podría haber un par de problemas de autor por los que Kakashi no pudo ser mostrado usándolo antes. Sasuke era un protagonista en ese momento, y su principal objetivo en la vida era matar a Itachi. Por lo tanto, era necesario presentar a Itachi como un villano superpoderoso. Asegurarse de que Mangekyo Sharingan se mencione por primera vez cuando se introduzca el Itachi, maximizaría la percepción de la audiencia sobre cuán fuerte y malvado es el Itachi.
La otra razón es que no estaba en el plan del autor que Kakashi ya había despertado el Mangekyo Sharingan cuando comenzó la serie, y planeaba ofrecer una explicación alternativa sobre cómo lo despertó durante el período de tiempo. Sin embargo, cuando empezó a abordar los hilos que colgaban al final de la historia, decidió introducirla en la historia de Obito.