La razón de por qué es diferente nunca se afirma realmente, pero podemos inferir por qué.
En primer lugar, hay tres ojos diferentes en Naruto. Desde el más débil al más fuerte, son Byakugan, Sharingan y Rinnegan. Así que el byakugan seguirá siendo un byakugan para siempre, pero puede convertirse en un Tensaigan (no recuerdo cómo, pero eso no importa). Ahora, para los más importantes Rinnegan y Sharingan, Sharingan puede evolucionar en Rinnegan. Sin embargo, antes de eso, se necesitan 3 cosas: un Sharingan completamente desarrollado, 3 Tomoe Mangekyou, y luego eterno.
En cuanto a lo que es el Rinnegan, es básicamente una mezcla de un Sharingan y sus propios rasgos, pero el aspecto Sharingan sólo es utilizable para Uchihas. Por eso Nagato no puede usar los efectos del Sharingan, pero Sasuke y Madara sí pueden.
Ahora, para saber por qué el de Sasuke se ve diferente, Madara tomó el chakra Senju de Hashirama y lo combinó con el suyo, lo que causó que el Sharingan evolucionara, que es más o menos la única manera de hacer que un Sharingan evolucione y Sasuke hace algo similar, excepto que el sabio de los sextos caminos le da a Sasuke la mitad de su chakra, que es mucho más que el de Hashirama. Así, sus ojos parecen casi convertirse en un Rinne Sharingan. Además, la razón de que sus habilidades sean diferentes es porque así es como los Rinnegans trabajan como Compartidores de Mangekyou hacen lo mismo