No parece que vaya a haber una nueva continuación de Géminis, pero se habla mucho en Internet de una tercera temporada que es una precuela que tiene lugar en Sudamérica durante el incidente de Heaven’s Gate.
En cuanto a tus otras preguntas, todas se responden en el anime. La primera temporada proporciona una buena base para entender la serie, pero para entender la conclusión de Géminis, tienes que prestar atención a los diálogos de los OVAs y luego probablemente deberías volver a ver Géminis, y entonces tus preguntas deberían ser respondidas. A diferencia de la crítica popular, la serie responde a muchas de las preguntas que la mayoría de la gente acaba teniendo, y que tú también podrías tener. Básicamente, imagina que los muñecos son como un diluvio, como en la popular historia del Arco de Noé. Están en constante evolución (fíjate en lo mucho que cambia el Yin) y son enviados a reemplazar a los humanos por un ser superior (fíjate en la Puerta del Cielo y la Puerta del Infierno, no se usaron sólo porque suenan bien).
Los contratistas son como Muñecos fracasados. Son racionales como los Dolls, pero demasiado llenos de emociones como los humanos. Por eso Yin, que resultó ser la Muñeca más evolucionada, intentaba cumplir este propósito de sustituir a los humanos. Nada de esto se te dice abiertamente, todo está implícito a partir de conversaciones específicas (la mayoría de las cuales se encuentran en la OVA, especialmente los últimos 10 minutos más o menos del último episodio, y la segunda temporada, no la primera).
En cuanto a quién es el chico, si te fijas en la segunda temporada descubrirás que la chica pelirroja es un clon de su hermano gemelo que es contratista. Lo único es que sus clones no son perfectos, como que ella fue clonada como niña y no como niño. El chico que aparece al final es un clon de Yin (fíjate que no es un clon perfecto ya que es un chico) que es el engendro del nuevo mundo, por eso querían al chico para empezar.
Este desarrollo de los Dolls sustituyendo a los humanos como la siguiente forma de evolución en la historia de la humanidad es similar a Elfin Lied, donde las personas van a ser sustituidas por las criaturas de la serie, y a Guilty Crown, donde la siguiente forma de evolución de los humanos es una forma inmortal, similar a un cristal, donde residirán la conciencia y los recuerdos de los humanos.
Hay más cosas que explicar, pero hace tiempo que no veo la serie, así que sólo recomiendo volver a verla, y recordar que la mayoría de tus preguntas serán respondidas. Solo presta atención a las conversaciones mantenidas y no tanto a todas las escenas de acción. PD: Estoy bastante seguro de que el manga Darker than Black: Shikkoku no Hana está ambientado después de la primera temporada y antes de la OVA, no es un reemplazo de Géminis. Además, podrías leerlo porque en el manga hablan un poco de la evolución de los Dolls durante un tiempo.