Advertencia:_ Siguen spoilers sin marcar.
Parece que hay cuatro componentes diferentes a los que te diriges aquí, así que aclararé las diferencias de cada uno.
Van Hohenheim
Van Hohenheim , también conocido como esclavo #23 , era un ciudadano de Xerxes y un ser humano normal que fue empleado por el alquimista del rey Xerxes. Este alquimista era un experimentador, y consiguió crear un ser, el Enano del Frasco, como resultado de la alquimia.
El Enano dio al esclavo un nombre, Van Hohenheim, antes de aliarse con él para convertir a los ciudadanos de Xerxes en piedra filosofal. Una vez que esto tuvo éxito, Hohenheim, como humano, tenía más de 500.000 almas en su sangre, lo que le dio un gran poder. Así que, aunque es un ser humano real, también es una piedra filosofal.
Homúnculo (en el Frasco)
Homúnculo , más conocido como Enano en el Frasco , fue creado por el alquimista del Rey (como ya se ha mencionado brevemente). Este alquimista (que no se nombra) estaba experimentando con la Puerta , y sacó algo de la esencia de “Dios” para crear el Enano del Frasco, el primer homúnculo verdadero. No tiene forma física, y sólo puede residir dentro del frasco de cristal en el que fue creado.
Padre
Padre es el resultado de la mezcla del Enano con el círculo de transmutación de Xerxes: El Enano del Frasco utilizó parte del poder de la transmutación de Xerxes resultante para darse un falso cuerpo humano (basado en el de Hohenheim). Como afirma Hohenheim, el Padre comenzó siendo nada más que el mismo Enano, contenido dentro de un “frasco” humano (en lugar de uno de cristal).
Como se ve en la serie, luego evoluciona de forma bastante sustancial; es él quien se traga a Dios, y se convierte en el ser definitivo. Sin embargo, no es un humano real; sigue siendo un homúnculo (un humano fabricado).
Los Homúnculos
Los homúnculos son seres (falsos humanos) creados a partir de la sangre del Padre, que es esencialmente una piedra filosofal en forma líquida. La Gula, la Envidia, la Lujuria, la Pereza y el Orgullo se crean fabricando los cuerpos humanos en los que residen, y alimentando sus cuerpos con las almas de la piedra filosofal del Padre.
La Avaricia (al menos, la segunda) y la Ira ya son humanas, y tienen almas puestas en ellas. De hecho, Hohenheim y Greed-Ling no difieren en sus habilidades, esencialmente. Ambos tienen la vida extendida por sus piedras filosofales, y ambos tienen cuerpos humanos verdaderos. Wrath no es diferente, excepto que él sólo tiene un alma dentro de su piedra , por lo que no puede regenerarse, y además envejece con el tiempo.
Resumen
Van Hohenheim, un humano, ayudó sin saberlo a Homúnculo (el Enano del Frasco), a utilizar la población de Xerxes para llenar su propio cuerpo con miles de almas, al tiempo que daba al Enano el falso cuerpo humano que vemos como Padre. Más tarde, Padre utiliza los poderes de su piedra para crear los homúnculos, los siete pecados que vemos. La Avaricia y la Ira son como Hohenheim, sólo que tienen sus propias debilidades.