Mi teoría es una mezcla de muchas de las populares, pero creo que lo que pasó es que, primero, Kirito le dio la Piedra Divina del Alma Retornante a Klein. Kirito dijo que la usara en la primera persona que viera morir, y o bien esa primera persona fue Kirito, (No recuerdo el orden de los episodios) o bien la guardó, y la usó en Kirito, trayéndolo de vuelta para dar el golpe final.
En cuanto a Asuna, creo que Sugou evitó su muerte. Sabemos que dijo que la mantenía con vida, y que fue una de las 300 que no se despertó. Sugou debe haber evitado que su NerveGear la matara de alguna manera, pero no sé cómo lo hizo. Sabemos que planeó casarse con ella sin su consentimiento, mientras estaba atrapada en el juego, y que trabaja en la RECT, así que, después de salvarla de la muerte, la atrapó en otro juego, ALO. Así, Asuna sigue viva, y sigue dormida.
Para mí, esto es lo más lógico, pero si hay algo que se me escapa, por favor, dímelo.