Hay un problema de traducción posiblemente relevante (japonés -> inglés, nada que ver con JSL) en las páginas que publicó @nhahtdh que podría confundir la interpretación de la escena. En la página “-5”, la última línea de Ishida es más bien “No poder oír tu voz hizo mi vida difícil”. - Está hablando de sí mismo, no simpatizando con Nishimiya. En lo que sería la página “-4”, pasa a decir que las cosas habrían ido mejor si cada uno de ellos pudiera escuchar lo que el otro tenía que decir.
En contra de la respuesta de @ssh, no hay razón para sospechar que el hecho de que Ishida se sonrojara tuviera algo que ver con que Nishimiya le mostrara algo en un papel: acababa de recuperar su cuaderno de Ishida después de 5 años, y no la vemos escribir en él.
¿Por qué el chico se sonrojó y respondió “¡Qué vergüenza! ¿Cómo puedes decir eso?” en la penúltima página?
Aquí, Ishida se refiere a la escena de las páginas
6-
7 en la que Nishimiya le hace señas de “tú-me-amigo” / “¿podemos ser amigos tú y yo?”. Se trata de una frase muy sensiblera y, por lo general, poco masculina, por lo que Ishida expresa que sería “muy vergonzoso” decir algo así (sobre todo, teniendo en cuenta el trato que le dio a ella anteriormente).
Y en la última página, cuando la chica le agarró la mano, ¿por qué dijo “¡No es eso lo que quería decir!”?
Como vimos en la página “-3”, el hecho de agarrar la mano indica “amigo” (o, según el texto que allí se da, quizá algo así como “hacerse amigos”). Al tomar la mano de Ishida, Nishimiya reafirmó que, de hecho, le gustaría ser su amiga. Imagino que la reacción de sorpresa de Ishida indica que no vio su encuentro como una oportunidad para reconciliarse con ella y empezar de nuevo, sino más bien como una oportunidad para decir “oye, siento un poco, pero no mucho, lo que pasó entonces”; supongo que no esperaba que Nishimiya fuera tan amable con él.